היישום העיקרי של ציוד זה הוא בשלב הטיפול בפסולת של גידול בעלי חיים. במשקים, בתי מטבחיים ובמתקנים לבקרת מחלות בעלי חיים, מגרסות פגרי בעלי חיים יכולות לעבד ביעילות כמויות גדולות של פגרי בעלי חיים, ולמנוע זיהום סביבתי הנגרם מהצטברות.
לאחר הגריסה, ניתן להשתמש בפגרי החיות כחומר קומפוסט להגברת פוריות הקרקע, או לעבור תסיסה אנאירובית להפקת ביוגז לאספקת אנרגיה. השברים יכולים לשמש גם כתוספי מזון או חומרי גלם עבור מסלולי שחזור משאבים אחרים. עם הגברת המודעות הסביבתית, יותר ויותר מפעלי בעלי חיים ובתי מטבחיים בוחרים לאמץ מכונות מסוג זה כדי להשיג טיפול בלתי מזיק ומבוסס על משאבים-בפסולת, ובכך להפחית את ההשפעה הסביבתית שלהם.
