נושא זיהום המים הועלה ללא הרף, במיוחד נושא זיהום מי התהום. חקלאים או יזמים בהאנגג'ואו, וונג'ואו ובמקומות אחרים בג'ה-ג'יאנג שילמו למנהלי הגנת הסביבה כדי לשחות בנהר כדי למשוך את תשומת הלב של כולם לחומרת זיהום המים. למרות שכל מנהל הגנת הסביבה בחר לשתוק או לסרב, המודעות של הציבור להגנת הסביבה התעוררה, ורמת החשש מזיהום המים הגיעה לרמות חסרות תקדים.
זיהום מי פני השטח ברור, אבל זיהום מי התהום מזעזע. מתוך 1.3 מיליארד אוכלוסיית סין, 70% שותים מי תהום, ויותר מ-400 מתוך יותר מ-660 ערים משתמשות במי תהום כמקור מי השתייה שלהם. עם זאת, מדווחים כי 90% ממי התהום העירוניים ברחבי הארץ זוהמו.
מערך נתונים נוסף מראה כי מי התהום עומדים בפני אתגרים חמורים. בשנת 2011, 9 מחוזות וערים, כולל בייג'ינג ושנגחאי, העריכו 857 בארות ניטור בתחומי השיפוט שלהם. שיעור בארות הניטור עם איכות מים בדרגות I ו-II עמד על 2%, בעוד שעד 76.8% מבורות הניטור היו מדרגות IV ו-V.
מבין תשעת המחוזות והערים, במחוז היינאן יש את איכות המים הטובה ביותר, עם בעיקר מים מסוג II; ואחריהן שנחאי ובייג'ין, בעיקר עם מים מסוג III; בהיילונגג'יאנג וג'יאנגסו יש את השיעור הגבוה ביותר של מים בדרגה IV, בעוד ארבעת המחוזות ג'ילין, ליאונינג, גואנגדונג ונינגשיה מגיעים בדרך כלל רק לרמה של סוג V.
ככל שזיהום המים ממשיך להתעצם, ענף הטיפול והמחזור בשפכים קיבל תשומת לב חסרת תקדים. בשנתיים האחרונות שיעור הרווח הגולמי באזורים שונים נותר סביב 70%, ואף עלה על 100% באזורים מסוימים. לתעשייה יש פוטנציאל פיתוח גדול.
